iOS 6から追加されたSmart App Bannersは、HTML内にタグ1行でできるみたいっす。
既存サイトにiPhone / iPadアプリのダウンロードへの入り口を、かんたんに設置できます。
https://developer.apple.com/library/safari/#documentation/AppleApplications/Reference/SafariWebContent/PromotingAppswithAppBanners/PromotingAppswithAppBanners.html
<meta name="apple-itunes-app" content="app-id=myAppStoreID, affiliate-data=myAffiliateData, app-argument=myURL">
と書くだけ。アフィリエイト設定も出来るようですので、使わない手はありません!